Η "Κ.Τ.Ε.Λ. ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ Α.Ε." είναι μια πολυμμετοχική ανώνυμη εταιρεία. Διοικείται από συμβούλιο, που εκλέγεται με τις διαδικασίες του ν.2190/1920.

Στην ιεραρχική δομή της εταιρείας, υπάρχουν τα τμήματα:

• Γραμματεία
• Λογιστήριο
• Ταμείο
• Γραφείο κίνησης
• Εκδοτήρια Εισιτηρίων
• Παραληπτήριο εισιτηρίων και εισπράξεων
• Ελεγκτές, Σταθμάρχες, Οδηγοί, Εισπράκτορες, Αποθηκάριοι

Επίσης στη λειτουργία της "Κ.Τ.Ε.Λ. ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ Α.Ε." εντάσσονται:

1. Το «ΣΩΜΑΤΕΙΟ ΜΕΤΟΧΩΝ ΚΤΕΛ Ν.ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ», με έδρα την οδό Λαγκαδά 16, Θεσσαλονίκη και πρόεδρο τον κ.Τσαβδάρη Ιωάννη. Είναι το συνδικαλιστικό όργανο των μετόχων.

2. ο ΕΙΔΙΚΟΣ ΣΥΝΕΤΑΙΡΙΣΜΟΣ ΤΩΝ πρώην ιδιοκτητών του, με έδρα την οδό Καραολή και Δημητρίου (Διοικητηρίου) 30 και Πρόεδρο τον κ.Χαλκίδη Βασίλειο. Είναι προμηθευτικός συνεταιρισμός των μετόχων, με μικρή πλέον δραστηριότητα.

3. ο ΑΛΛΗΛΟΑΣΦΑΛΙΣΤΙΚΟΣ ΣΥΝΕΤΑΙΡΙΣΜΟΣ των μετόχων του, με έδρα την οδό Καραολή και Δημητρίου (Διοικητηρίου) 30 και Πρόεδρο τον κ.Χαλκίδη Βασίλειο. Είναι η ασφαλιστική εταιρεία της "Κ.Τ.Ε.Λ. ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ Α.Ε." στην οποία ασφαλίζονται τα λεωφορεία της. Ο ασφαλιστικός αυτός φορέας, αντασφαλίζεται στον μεγάλο συνεταιριστικό φορέα με τίτλο «ΑΛΛΗΛΑΣΦΑΛΙΣΤΙΚΟΣ ΣΥΝΕΤΑΙΡΙΣΜΟΣ ΕΠΑΓΓΕΛΜΑΤΙΩΝ ΙΔΙΟΚΤΗΤΩΝ ΑΥΤΟΚΙΝΗΤΩΝ ΔΗΜΟΣΙΑΣ ΧΡΗΣΗΣ ΒΟΡΕΙΟΥ ΕΛΛΑΔΑΣ ΚΑΙ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ ΣΥΝ.Π.Ε.», ο οποίος έχει ως εταίρους του τα ΚΤΕΛ της Βόρειας Ελλάδας, είναι ο ιδιοκτήτης του σταθμού «ΜΑΚΕΔΟΝΙΑ» στη Μενεμένη Θεσσαλονίκης και Πρόεδρός του είναι ο κ.Χρήστος Λιούπας.

Προϊσταμένη αρχή (με αποφασιστικές και εποπτικές αρμοδιότητες) είναι η Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Θεσσαλονίκης, μέσω του εκάστοτε νομάρχη Θεσσαλονίκης (σήμερα ο κ. Παναγιώτης Ψωμιάδης).

Απώτατος «προϊστάμενος» όλων των ΚΤΕΛ είναι ο εκάστοτε Υπουργός Μεταφορών και Επικοινωνιών (σήμερα ο κ. Ευριπίδης Στυλιανίδης).